Etudiante en fin de thèse au CIRI, Laura Camus nous fait entrer dans son quotidien de doctorante en microbiologie.

lecture : 5-6 min

« Tu es doctorante en microbiologie ? Et, tu fais quoi en fait ? »

Cette question revient souvent aux oreilles des doctorants et doctorantes. Moi la première, j’ai posé cette question à d’autres avant de me lancer dans la recherche scientifique, car honnêtement : je n’avais aucune idée de ce qu’un(e) thésard(e) pouvait faire de ses journées.

Après 3 ans de thèse et quelques milliers d’heures au laboratoire, j’ai ma réponse : plein de choses !

Plus précisément, les journées d’un(e) doctorant(e) en biologie ne se ressemblent pas et oscillent entre travaux « manuels » et « cérébraux ».

 

Mes principales activités en tant que doctorante en biologie : les expériences

L’aspect manuel repose principalement sur les expériences : des tests et essais afin de répondre à une question scientifique particulière. Et pour faire ces expériences, on a besoin de matériel, que l’on doit également prévoir et préparer.

La microbiologie dépend par exemple de la culture de microorganismes (bactéries, champignons, levures). On a pour cela besoin d’un milieu nutritif pour ces petites bestioles, qu’il va falloir préparer et placer dans des récipients adaptés : boîtes de Pétri, tubes, fioles… On utilise également beaucoup de matériel à usage unique commandé chez des fournisseurs spécialisés. Il faut donc aussi gérer ses stocks !

Le matériel employé dépend très fortement du domaine du doctorant ou de la doctorante. Un(e) doctorant(e) en bio-informatique va par exemple avoir beaucoup plus recours à un ordinateur pour ses expériences, tandis que les doctorant(e)s en géologie ou écologie mènent parfois des expériences sur le terrain. De la même manière, la durée des expériences varie de quelques minutes à plusieurs mois selon la question scientifique posée !

Tout ce matériel a cependant un coût, et toute expérience prend du temps : se lancer tête baissée dans une expérience est-elle une bonne idée ? Non.

Ouiii mais j’ai une super idée làààà tout de suite, je suis sûr que ça va marcher !
NON ! 

Et c’est là que le travail « cérébral » entre en jeu : avant d’effectuer l’expérience de nos rêves, place à la réflexion !

Est-ce que cette expérience permettra de répondre à ma question ?
Est-ce qu’elle est réalisable avec le matériel et le temps que j’ai ?
Est-ce que d’autres ont déjà fait cette expérience avant moi ?
(…)

Pour répondre à toutes ces questions, le/la doctorant(e) n’est heureusement pas seul. Il ou elle peut être aidé au laboratoire par son encadrant de thèse ou les membres de son équipe (autres thésards, ingénieurs, techniciens…), au détour d’un couloir, d’une réunion, ou d’une pause-café !

On peut aussi être aidé par d’autres chercheurs à travers le monde, dont les expériences et travaux sont accessibles sur Internet dans des revues scientifiques. C’est ce qu’on appelle « faire de la bibliographie » : rechercher et lire des articles d’autres laboratoires. Travailler dans un laboratoire est donc synonyme d’interactions et d’échanges avec d’autres scientifiques.

Il arrive que l’on n’ait pas forcément de réponses à toutes ces questions avant une expérience. On se lance dans ces cas-là avec un peu plus d’inconnues, en priant pour que l’expérience :

1) Se déroule sans catastrophe.
2) Nous donne les réponses tant attendues à notre question scientifique.

 

Et après les expériences ?

Partons du principe que la prière numéro 1 ait été exaucée et l’expérience réalisée sans accroc. Après un petit (voire gros) « ouf » de soulagement, le/la doctorant(e) doit revenir à un travail cérébral pour 3 missions :

  • Retranscrire l’expérience et ses résultats
  • Analyser les résultats et les interpréter
  • Présenter ses résultats.

La retranscription s’effectue en répertoriant le protocole et les résultats de l’expérience réalisée dans un cahier de laboratoire. Au départ manuscrit, il est de plus en plus utilisé sous format informatique et les informations qui y sont écrites sont généralement publiques. Ce cahier permet d’avoir un suivi de ce qui a été fait, de ce qui a fonctionné ou non, et constitue un moyen d’assurer la continuité des travaux une fois le/la doctorant(e) parti(e) du laboratoire. Il peut aussi être une preuve d’authenticité particulièrement importante lors du dépôt de brevet, par exemple.

Ensuite vient la phase d’analyse. Les expériences génèrent souvent une flopée de données chiffrées pas forcément évidentes à interpréter telles quelles. Le/la doctorant(e) se charge donc de rendre ces données plus digestes, notamment en trouvant une représentation adaptée.

Lorsque l’on cultive nos petites bestioles en microbiologie par exemple, on suit leur croissance en les dénombrant dans le milieu de culture. Ces numérations sont notées dans des tableaux pas très lisibles au cours de l’expérience. Ensuite, on peut les présenter sous forme de courbes pour que ce soit plus visuel. 

C’est après cette phase d’analyse que l’on peut (enfin !) répondre à la question scientifique posée avant l’expérience. Alors là, plusieurs cas de figure :

On obtient bien ce que l’on espérait…



… c’est PAS DU TOUT ce qui était prévu…

…et toutes les situations entre ces deux extrêmes

« The many faces of science »

Dans tous les cas, le/la doctorant(e) ne reste généralement pas seul(e) dans son coin à faire la fête, pleurer ou philosopher sur l’issue de son expérience. Il/elle pourra (et devra !) présenter ses résultats à d’autres scientifiques, à l’oral comme à l’écrit : ce qu’on appelle la communication scientifique.

Elle prend parfois la forme d’échanges oraux de façon informelle avec l’encadrant de thèse ou au cours d’une réunion avec son équipe. De manière plus formelle, le/la doctorant(e) peut aussi présenter ses résultats pendant un congrès rassemblant davantage de chercheurs (du domaine ou non). Ceci permet de discuter des résultats obtenus avec des personnes extérieures pouvant apporter de nouvelles idées et pistes pour avancer. Enfin, les résultats peuvent être rédigés dans des rapports ou des articles scientifiques. Ces derniers, publiés dans des revues scientifiques constituent une reconnaissance et une validation de nos travaux par la communauté scientifique. Le Saint Graal des doctorants !

Le/la doctorant(e) est donc régulièrement amené(e) à synthétiser ses résultats sous différentes formes. Ici encore, un travail cérébral est important. L’objectif : présenter ses résultats de la façon la plus claire possible selon le public visé ! Les doctorants sont d’ailleurs évalués à la fin de leur thèse sur leur manuscrit (pas la partie la plus relaxante) et leur soutenance (partie un peu plus drôle car ça marque officiellement la fin de la thèse* !).

*Enfin, surtout le pot qui s’en suit 😊
** Enfin, s’il y en a un ! Pensée à tous les
doctorant(e)s sans pot pendant cette période 🙁

Les principales activités d’un(e) doctorant(e) en microbiologie pourraient donc se résumer à :

  • La préparation et la réalisation d’expériences
  • L’analyse et la communication des résultats de ces expériences
  • Tout cela en interaction avec d’autres chercheurs de son équipe ou d’ailleurs !

Et tout ça… dans la même journée ?!

😱

Parfois, oui ! Mais cela varie beaucoup en fonction des jours : certaines expériences vont s’étaler sur toute une journée et occuper le/la doctorant(e) à 100%. D’autres seront plus rapides et laisseront davantage de temps au travail « cérébral » pendant la journée. Parfois, ce travail remplace totalement les expériences, notamment lors de la rédaction de gros articles scientifiques ou du manuscrit de thèse.

Le ou la doctorante est généralement assez libre dans l’organisation de ses journées, mais cela varie bien sûr en fonction des équipes et des encadrants de thèse. Pour ma part, tant que j’avance dans mon projet scientifique, je peux décider quand effectuer mon expérience, quand l’analyser, etc.

La principale contrainte dans cette décision réside dans la disponibilité du matériel nécessaire à l’expérience : d’autres membres de l’équipe peuvent avoir besoin de mêmes appareils au même moment. Aussi, il n’est pas rare que certains moments de la semaine soient réservés à des réunions avec les autres membres de l’équipe.

Difficile de définir la journée type d’un(e) doctorant(e), donc !

Mais voici un exemple de journée au sein de mon laboratoire de microbiologie :

  • Arrivée au laboratoire
  • Préparation de l’expérience à réaliser dans la journée, au bureau ou en salle d’expérience
  • Pause-café avec les autres membres de l’équipe dans une salle de vie commune
  • Réalisation de l’expérience, en salle d’expérience
  • Pause repas dans la salle de vie commune, généralement avec les collègues
  • Retour au bureau pour restituer l’expérience dans le cahier de laboratoire et analyser les résultats, ou encore pour préparer des présentations pour les réunions prévues
  • Préparation de l’expérience du lendemain s’il y en a une !
  • Retour au bercail 

Tout cela entrecoupé d’échanges fréquents avec les collègues du laboratoire ou avec l’encadrant de thèse.

Etre doctorant(e) est donc synonyme de polyvalence et d’organisation. Expériences, analyses, réflexion et communication font partie de son quotidien,  qui est loin d’être routinier !

Pour aller plus loin 

Découvrir le Centre international de recherche en infectiologie ici


Cet article a été réalisé par Laura Camus pour Sciences pour tous.

Sa bio :

Je suis passionnée par les interactions : entre bactéries pour mon doctorat en microbiologie, et entre humains pour le partage des connaissances !


Publié le mardi 15 décembre 2020

Cette actu est proposée par le pôle de diffusion des savoirs de l'Université Claude Bernard Lyon 1

Matthieu Martin

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